内异症常见的临床表现有盆腔疼痛、不孕和盆腔结节及包块。25%患者无任何症状。

（1）盆腔疼痛：70%～80%的内异症患者均有不同程度的盆腔疼痛，与病变程度不完全平行，包括痛经、非经期盆腔痛、性交痛及肛门坠痛等。卵巢子宫内膜异位囊肿破裂可引起急性腹痛。

（2）不孕：约40%～50%的内异症患者合并不孕。导致内异症性不孕症的原因包括盆腔解剖结构改变、盆腔内微环境紊乱、卵巢功能异常及子宫内膜容受性缺陷等。

（3）盆腔结节及包块：17%～44%的患者合并盆腔包块（卵巢子宫内膜异位囊肿）。妇科检查可扪及直肠子宫凹陷、宫骶韧带或子宫后壁下段等部位触痛性结节，子宫多后倾固定。

（4）其他症状：内异症侵犯肠道可出现便频、便秘、便血、排便痛或肠痉挛，严重时可出现肠梗阻。内异症侵犯膀胱常出现尿频、尿急、尿痛甚至血尿。肺及胸膜内异症可出现经期咯血及气胸。剖宫产术后腹壁切口、会阴切口内异症表现为瘢痕部位结节、切口处发生月经期密切相关的周期性疼痛。